Fajka wodna działa na bardzo prostej zasadzie, która przedstawiona została na załączonym obrazku.

Po napełnieniu dzbana wodą, złożeniu fajki w całość, nabiciu cybucha tytoniem i nałożeniu na niego sitka lub folii, a następnie węgielka - rozpalamy shishę.
W tym celu zaciągamy powietrze poprzez wąż - albo wolnymi, długimi wdechami albo szybkimi i krótkimi. Zasysane powietrze po spotkaniu z węgielkiem nabiera bardzo wysokiej temperatury. Przechodząc przez tytoń, podgrzewa tak, aby mógł się spalić, wytwarzając automatycznie dym. Po zaciągnięciu powstały ze spalenia tytoniu dym wędruje przez rurkę w korpusie do dzbana, gdzie zostaje przefiltrowany przez wodę. Następnie, w skutek ciągu, wydostaje się on poprzez dziurki w korpusie i wlatuje do węża, a następnie do ust palącego.

 W fajkach posiadających zaworek, podczas wciągania dymu kuleczka, znajdująca się w zaworku, przyciągana jest do zaworka, blokując tym samym dopływ ‘lewego powietrza’. Kiedy dym staje się zbyt ostry, np. w wyniku przypalenia się tytoniu, możemy szybko pozbyć się go z dzbana dmuchając w wąż. Wydmuchiwane powietrze odpycha kuleczkę od zaworka, co umożliwia wydostanie się dymu z fajki.